La historia de la Casona empieza en noviembre de 1605 con un generoso donativo económico para su primera construcción entregado a la Orden Jesuita o Compañía de Jesús por don Antonio Correa Ureña, funcionario del Santo Oficio. Como parte de ello la Iglesia de San Carlos se transformó en Panteón de los Próceres , acogiendo los cuerpos y sarcófagos de quienes combatieron por la independencia del Perú. El bello templo que los jesuitas terminaron de reconstruir en 1766 sufre a partir de entonces importantes reformas, incluyendo intervenciones artísticas modernas, como las interesantes alegorías patrióticas de José Sabogal, pintadas hacia 1924, y las realizadas en 1971 por Teodoro Núñez Ureta. De su antiguo barroquismo interior, sin embargo, pueden aún admirarse el altar principal y el magnífico púlpito de caoba, evocado por Pedro Benvenuto Murrieta como el "mejor que existe en Lima". Contiguo a San Marcos e identificado con la Torre del Reloj donada por la colonia alemana, el nuevo parque se convirtió en un espacio natural para la prolongación de los debates políticos e intelectuales iniciados en los antiguos claustros.
Los patios históricos:
El Patio de Derecho o de Maestros
El Patio de los Naranjos
Sede de la antigua Facultad de Letras, se asienta sobre los restos de construcciones anteriores al noviciado. En este claustro la restauración ha permitido habilitar las más espléndidas salas de exposición en todo el país.
El Patio de los Jazmines
Vincula a los principales espacios ceremoniales del Centro Cultural, así como a su Museo de Arqueología y Antropología y un moderno auditorio. Todavía en 1927 se elevaba sobre él un curioso mirador de aire republicano. Las exploraciones arqueológicas, sin embargo, han permitido recuperar las dimensiones originales devolviendo a su ubicación primera las hermosas columnas de fina madera.
Patio de Chicos
El Patio de la Mula , lleva también el nombre de Patio de los Juniores Seminaristas o Patio de Chicos por haberse destinado a los alumnos más jóvenes del noviciado y del convictorio. Allí Edgardo de Habich fundó en 1877 la Escuela de Ingenieros que luego se trasladaría a una sede propia para convertirse en la Universidad Nacional de Ingeniería. Desde 1999 sus magníficas instalaciones se hallan en pleno uso por los elencos del Centro Cultural dedicados a las más variadas artes musicales.
Patio de Machos
Luego llamado Patio de Ciencias por las disciplinas que en él se dictaron y ahora destinado al Museo de Arte y a la biblioteca del Centro Cultural. Su tamaño menor le da un cierto aire de intimidad, acentuado por el espléndido jazmín que trepa sus barandas y los detalles artísticos de los mascarones en la fuente de bronce.
Ceremonias y cultos:
Salón General
Entre los patios de los Jazmines y de los Naranjos se encuentra la Capilla de Nuestra Señora de Loreto , un culto particularmente vinculado a la Orden de Jesús. El ambiente es también conocido como Salón de Grados por haber sido ésa la función principal que la Facultad de Letras le asignaba, siendo ahora sede privilegiada para los homenajes y encuentros académicos más importantes de la Universidad. Construida tras el terremoto de 1746, su reciente puesta en valor la evidencia como uno de los conjuntos barrocos más relevantes de la capital.
Salón de Grados "La Capilla Nuestra Señora de Loreto"
Es el gran momento barroco de la Casona, su momento de sobrio esplendor neoclásico es sin duda el Salón General . En coherencia con las nuevas ideas ilustradas que a fines del siglo XVIII se asientan en el país, el diseño mismo del nuevo recinto construido para el Convictorio de San Carlos. Tras su devolución a la Universidad se convirtió en uno de los escenarios ceremoniales y reflexivos más importantes del país, pero a partir de los años sesenta las violencias políticas y el descuido dañaron seriamente su mobiliario e infraestructura.
